Jan Dolphijn wordt lid van de Communistische Partij Nederland en is voor die partij voor de Tweede Wereldoorlog lid van de gemeenteraad van Wageningen. In juli 1940 wordt hij op last van de Rijkscommissaris uit de gemeenteraad gezet.

Na de februaristaking van februari 1941 wordt door de Duitse bezetter de jacht op de communisten geopend. Als gevolg daarvan wordt Jan op woensdag 25 juni 1941, 's morgens om 07:00 uur, op verzoek van de Sicherheitspolizei te Arnhem, door twee Wageningse politieagenten gearresteerd in zijn woning aan de Essenlaan 31. Diezelfde dag wordt hij om 11:00 uur overgebracht naar de SD in Arnhem.

Als politiek gevangene wordt hij daarna naar een kamp afgevoerd en verdwijnt uit beeld. Eind mei 1945 blijkt Jan in het op 29 april 1945 door de Amerikanen bevrijde kamp Dachau te zijn. Hij was één van de 500 Nederlanders die daar toen nog verbleven. Op 27 mei 1945 vertrekt hij vanuit Dachau weer naar Nederland (Wageningen). Johannes Dolphijn wordt 82 jaar oud. Hij overlijdt op 29 maart 1985 te Wageningen.